Uczestników konferencji powitał i słowo wstępne wygłosił rektor WSD ks. dr Jacek Szymański, po którym głos zabrał biskup włocławski dr Wiesław Mering. W toku obrad, którym przewodniczył zastępca dyrektora Biura Edukacji Publicznej IPN dr Władysław Bułhak, jako pierwszy przemówił wiceprezes IPN dr Janusz Krupski. Podkreślił on, że prokuratura w Katowicach, która przejęła prowadzenie śledztwa w sprawie śmierci ks. Jerzego Popiełuszki, ma duże doświadczenie w sprawach dotyczących stanu wojennego. Nie można jednak orzec, czy nastąpi nagły przełom w śledztwie, było to możliwe raczej w fazie początkowej prowadzenia sprawy.
Z uwagą wysłuchano wystąpienia ks. dr. Antoniego Ponińskiego nt. Obraz kapłana w prasie PRL z lat 1982-1984. Operując przykładami, podając nazwiska duchownych, mówca oddał atmosferę wycinka rzeczywistości PRL. Chodziło o to, by prasa upowszechniała negatywny wizerunek ludzi Kościoła, skłaniając czytelników do myślenia, że prawdziwie wolnym może być tylko człowiek niewierzący w Boga. Nie na próżno w prasie z badanego przez ks. A. Ponińskiego czasu nie ma ani jednej publikacji o jakimkolwiek dobru, czynionym przez Kościół.
Następnym mówcą był dr Tomasz Chinciński z IPN w Bydgoszczy, który w referacie W poszukiwaniu dowodów prowokacji - działalność operacyjna i śledcza SB w sprawie porwania ks. Jerzego Popiełuszki omówił działania mające na celu odnalezienie porwanego księdza. Podał fakty, dotyczące miejsc przeszukiwań i liczby osób - uczestników przeszukiwań. Podkreślił też fakt pominięcia niektórych wątków sprawy w dalszym jej toku, m.in. wątku związanego z różańcem, obecnie znajdującym się w bydgoskiej delegaturze IPN, a znalezionym przez funkcjonariuszy MO 25 października 1984 r. w rejonie mostu toruńskiego, nieopodal zamku dybowskiego. Zdaniem mówcy, istnieje duże prawdopodobieństwo, że różaniec ten mógł należeć do Księdza Jerzego (przemawia za tym m.in. fakt, iż nie zabezpieczono na nim odcisków linii papilarnych). Zagadkową sprawą jest, że sprawcy porwania kapłana nie wspominali w śledztwie o postoju w tym miejscu. Pytań, na które nie ma jeszcze odpowiedzi, padało w referacie dr. T. Chincińskiego więcej.
O tym, jakie były - w świetle dokumentacji SB - reakcje społeczne na śmierć ks. Popiełuszki, mówiła dr Alicja Poczoska z bydgoskiego oddziału IPN. Funkcjonariusze zaliczali do nich wystąpienia duchowieństwa, które miały „wydźwięk negatywny”. Zaliczali do nich przede wszystkim kazania. „Negatywny”, bo dotyczący tematu uprowadzenia i zamordowania Księdza Jerzego charakter, miało w skali krajowej ponad 500 kazań. Wszystkich wystąpień „negatywnych”, SB odnotowała 819. Nazwiska autorów i treści zawarte w tekstach „negatywnych” były dobrze znane funkcjonariuszom Ministerstwa Spraw Wewnętrznych i najwyższym władzom PRL. Śmierć Kapłana dodała odwagi społeczeństwu: nastąpił wzrost ilości tzw. wrogiej propagandy pisanej. Wzrosła liczba kolportowanych gazetek, ulotek, coraz częściej pojawiały się w miejscach publicznych akcenty „solidarnościowe”, napisy, plakaty itp. Akcenty „wolnościowe” odnaleźć można było także m.in. na Grobach Pańskich w kościołach, urządzanych na cmentarzach symbolicznych grobach Księdza Jerzego Popiełuszki.
Zachowań społecznych w latach 1984-90, zwłaszcza zachowań mieszkańców Torunia i województwa toruńskiego dotyczyło wystąpienie dr. Wojciecha Polaka z Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu. Mówił on m.in. o pielgrzymkach do miejsc męczeństwa ks. Jerzego Popiełuszki, o formach uczczenia Kapłana, za wszelką cenę udaremnianych przez funkcjonariuszy SB i MO. Ostatnim mówcą był ks. Antoni Poniński, który podzielił się z zebranymi wspomnieniami i refleksjami z przebiegu procesu toruńskiego. Na zakończenie konferencji odbyła się promocja najnowszej książki prof. Krystyny Daszkiewicz Ks. Jerzy Popiełuszko - Sługa Boży, męczennik 1947-1984. Pozostaje tylko żałować, że do Włocławka nie przyjechał prokurator IPN Andrzej Witkowski, który do niedawna prowadził śledztwo, mające ostatecznie wyjaśnić kulisy zbrodni sprzed 20 lat. Prokurator Witkowski przesłał list do uczestników konferencji, odczytany przez ks. A. Ponińskiego. Wrażenie niedosytu informacji pogłębiła nieobecność mecenasa Jana Olszewskiego - oskarżyciela posiłkowego w procesie toruńskim.
„Zaprzepaściliśmy wiele ideałów ks. Jerzego, jednak jednemu zostaliśmy wierni: nie odpowiedzieliśmy nienawiścią na nienawiść” - mówiła w referacie dr Alicja Poczoska. Echa tych słów powtarzały się podczas wszystkich uroczystości, składających się na obchody 20. rocznicy śmierci Księdza Jerzego. O wyższości dobra nad złem, o tym, czym jest prawdziwe zwycięstwo, nauczał w homilii bp Wiesław Alojzy Mering podczas Mszy św. koncelebrowanej pod jego przewodnictwem, odprawionej w niedzielę 24 października br. w katedrze włocławskiej. Homilię usłyszeć mogli Polacy na całym świecie, bowiem przebieg Liturgii transmitowała TV Polonia.