Prus zauważał narastający w społeczeństwie polskim antyklerykalizm. Zarzucano duchowieństwu niemoralny tryb życia oraz przywiązanie do dóbr materialnych. W nagonkach na księży przodowali niektórzy publicyści, a na przełomie XIX i XX w. także socjaliści oraz radykalne ugrupowania chłopskie. W 1906 r. Prus odnotował także pojawiające się ataki mariawitów na duchowieństwo katolickie. Do złego wizerunku duchowieństwa w społeczeństwie przyczyniali się także sami księża, którzy w kontaktach ze świeckimi rozpowszechniali negatywne opinie o swoich konfratrach. Również Prus widział ułomności niektórych duchownych. Uważał, że księżom, zwłaszcza młodym, popełniającym błędy, należy taktownie zwracać uwagę. Osobiście w 1911 r. przeciwstawiał się też akcjom antyklerykalnym na Uniwersytecie Jagiellońskim.
Zdaniem autora Kronik, duchowieństwo jako stan, pomimo swoich wad i uchybień, nie zasługiwało na słowa ostrej krytyki. Ludzie atakujący księży nie ogarniali całokształtu życia i pracy duchowieństwa, ale podchodzili do niego wybiórczo, koncentrując się na jednostkowych zjawiskach negatywnych, natomiast zdaniem Prusa: „Typowymi cechami naszego duchowieństwa nie jest chciwość, obżarstwo i pijaństwo, ale wysoko rozwinięty duch obywatelski, skojarzony z cechami katolickiego kapłana, niekiedy z małym ukształceniem umysłowym, które jednak nie przeszkadza, że na ogół biorąc, są to ludzie godni szacunku i dodatnio wyróżniający się w społeczeństwie”. Powstanie sekty mariawitów i ich ataki na księży skwitował następująco: „Ucisk i prześladowania podkopały Kościół katolicki w naszym kraju, a ciemnota urodziła »herezję«”.
Jako przykład pięknej postawy kapłańskiej Prus ukazał ks. Jana Laskowskiego, wikariusza z Wrześni. W czasie strajku w 1901 r. nie chciał dopuścić do jego eskalacji, mając na celu dobro dzieci. Był niesłusznie posądzony przez władze pruskie o podburzanie do strajku szkolnego. Ufundował, jak twierdzi Prus, dwie biblioteki dla dzieci niemieckich w Wiedniu i we Wrześni. Zapytany o motywy odpowiedział: „Obowiązek kapłański nakazuje mi kochać wszystkie dusze powierzone mojej pieczy, troszczyć się jednakowo o dobro Polaków, jak i Niemców”.
Swoje opinie na temat kleru Prus formułował, opierając się na osobistych kontaktach z duchownymi: „Mam przyjemność znać kilkunastu księży; większa część w Warszawie, kilku na prowincji i doprawdy nie mógłbym o nich powiedzieć nic innego, jak tylko, że są to dobrzy obywatele, ludzie rozsądni i czcigodni”. W podobnym duchu pisał w 1910 r., polemizując ze zwolennikami „partii postępowej”: „Nie ogłaszacież ich [księży] wrogami narodu. Mówicie, że są źli księża: chciwi, skąpi, gwałtowni, fanatycy...? Z pewnością, że są. Lecz na przykład, partia postępowa czyliż składa się z samych aniołów?... Tylko, mówiąc o jakimś złym księdzu, trzeba go wyraźnie nazwać, a przede wszystkim zaskarżyć do biskupa, nie zaś szkalować w pismach duchowieństwo katolickie, które dziś dostaje cięgi nie za to, że kiedyś istniał i pracował Torquemada lub Arbuez, ale za to, że jest duchowieństwem polskim. Tam biją naszych rodzonych braci, Polaków, a my na nich rózgi wiążemy i nawet ciemną chłopską dziatwę uczymy katowskiego procederu”.
Podobne świadectwo daje w swoim pamiętniku jeden z chłopów Jan Słomka: „Wszyscy księża, jakich znałem, wykonywali swoje obowiązki, lud do dobrego nakłaniali i przyczynili się do utrzymania porządku społecznego i dobrych obyczajów więcej niż jakakolwiek inna władza, spełniali więc najważniejszą rolę w społeczeństwie”. Zdaniem Prusa, księża w swojej masie byli ludźmi inteligentnymi, w miarę wykształconymi i oczytanymi. Jednak samotny tryb życia na wsi sprawiał, że z nudów poświęcali dużo czasu na rozrywkę i życie towarzyskie z miejscową szlachtą, natomiast między duchowieństwem a chłopami istniał wzajemny dystans. Znany socjolog i pedagog Józef Chałasiński słusznie zauważył, że to właśnie Kościół przełamał izolację chłopów poprzez kształcenie synów chłopskich na księży.
W swoich utworach Prus nie zawężał obrazu kapłana tylko do sfery fenomenologicznej, ale ukazywał również jego sylwetkę duchową. Kapłan podobnie jak każdy chrześcijanin przeżywał chwile słabości, rozterki duchowe i wyrzuty sumienia z powodu sprzeniewierzenia się swojemu powołaniu. W zaciszu plebanii toczył wewnętrzną walkę ze swoimi słabościami. Jego życie było nacechowane duchem umartwienia, modlitwy o dobre życie i o ducha miłości pasterskiej. Jednak podobnie jak i świeccy, kapłan poddany był licznym pokusom płynącym z otaczającego świata i jego własnych słabości. Kontakty towarzyskie ze świeckimi obniżały poziom życia moralno-duchowego wielu kapłanów.
W 1906 r., po złagodzeniu cenzury, analizował głębsze przyczyny niskiego poziomu moralnego duchowieństwa. Za najważniejszą uznał obniżenie się etosu całego społeczeństwa, co miało negatywny wpływ na jakość powołań. Poza tym duchowni katoliccy, w przeciwieństwie do innych wyznań, mieli bardzo niskie wynagrodzenie, dlatego byli zmuszeni pobierać od wiernych opłaty za posługi religijne. Inwigilacja przez władze carskie, zakaz opuszczania parafii i celowa izolacja duchowieństwa od szkół i urzędów sprawiały, że księża nieraz z nudów popadali w nałogi, np. karciarstwo czy alkoholizm, a liczba powołań kapłańskich zmniejszała się. Poziom moralny duchowieństwa był szczególnie niski na Litwie, gdzie ucisk polityczny był większy niż w Królestwie Polskim.
Prus starał się sprawiedliwe oceniać duchowieństwo swoich czasów. Widział jego wady i zalety. Widział także trudne uwarunkowania życia kapłanów w warunkach carskiego terroru. Zachęcał społeczeństwo do moralnego wsparcia duszpasterzy i obrony przed atakami.