Pierwsze starania związane z organizacją trzeciej parafii w Bielsku Podlaskim rozpoczął w 1987 r. - na polecenie bp. Władysława Jędruszuka (1918-1994), administratora apostolskiego diecezji pińskiej (1967-1991), ks. mgr Antoni Zajączkowski (1944-1990), proboszcz parafii farnej (1987-90).
Wkrótce po nabyciu od Eugenii Moczulskiej stosownej działki przy ul. Wojska Polskiego, bp Władysław Jędruszuk erygował dekretem z 17 września1989 r. nową parafię pw. Miłosierdzia Bożego. Jej pierwszym proboszczem został ks. Marian Wyszkowski, dotychczasowy proboszcz w Czeremsze (1986-1989). W pierwszych latach istnienia parafii tymczasowym kościołem była neoklasycystyczna kaplica cmentarna pw. św. Wincentego á Paulo zbudowana w latach 1859-1860, staraniem ks. Antoniego Aklińskiego (1826 - ok. 1899), proboszcza bielskiego (1854-1870). Kamień węgielny pod tę kaplicę położono 11 maja 1859 r., a budowę ukończono 7 sierpnia 1860 r. Aktu poświęcenia kaplicy dokonał ks. Adam Radziszewski (1819 - po 1880), archidiakon białostocki (1848-1863), proboszcz dziadkowicki (1846--1863).
24 listopada 1989 r. staraniem parafian zakupiono plac pod nowy kościół. Projekt nowej świątyni wykonał arch. Andrzej Chwalibóg z Białegostoku, a kierownikiem prac był Lucjan Oksimowicz. Wyliczenia konstrukcyjne wykonał inż. Andrzej Wrzosek. Budowę świątyni rozpoczęto 29 sierpnia 1992 r. pod kierunkiem ks. Mariana Wyszkowskiego. Kamień węgielny poświęcił 24 września 1994 r. bp Antoni P. Dydycz, biskup drohiczyński, który też konsekrował nowy kościół pw. Miłosierdzia Bożego 21 kwietnia 2001 r.
Na terenie parafii, na cmentarzu grzebalnym, znajduje się Mauzoleum z napisem „Ofiarom barbarzyństwa” z czasów II wojny światowej, zbudowane nad mogiłami 50 bielszczan zamordowanych przez Niemców w Lesie Pilickim 15 lipca 1943 r.
Obok świątyni stoi drewniana plebania zbudowana w 1990 r., staraniem proboszcza, ks. kan. Mariana Wyszkowskiego.

Porządek Mszy św.:
- niedziele i święta:
- kościół parafialny: 8.30, 10.30, 12.00, 17.00
- święta nie będące dniami wolnymi od pracy:
- kościół parafialny: 7.00, 17.30

Odpusty w parafii: niedziela Miłosierdzia Bożego (pierwsza po Wielkanocy), św. Wincentego á Paulo (27 września).

Nabożeństwo adoracyjne: piątek-niedziela Miłosierdzia Bożego

Księgi metrykalne:
Księgi Chrztów: od 1989 r.
Księgi Małżeństw: od 1989 r.
Księgi Zmarłych: od 1989 r.