W lipcu 1999 r. ks. Władysław Nadybał SAC przyjechał do Międzyrzecza. W sierpniu biskup diecezjalny podpisał dekret powołujący nową parafię pw. Pierwszych Męczenników Polski w Międzyrzeczu i powierzył Stowarzyszeniu Apostolstwa Katolickiego (pallotynom) budowę diecezjalnego sanktuarium Braci Międzyrzeckich.
Sanktuarium budowane jest na placu położonym na obrzeżach największego osiedla parafii. Architekt mgr inż. Krystyna Zaręba-Kijak zaprojektowała kościół o powierzchni 800 m2. na planie serca, czyli jednego ze znaków męczeństwa. Bryła kościoła wzorowana jest na stylu romańskim, aby w ten sposób nawiązać do czasów życia Pięciu Braci.
Obecny proboszcz parafii ks. Andrzej Delik SAC kontynuuje prace budowlane. Zabezpieczono papą dach kościoła, założono okna w wieżyczce i kopule, wykończono wieżę frontonu kościoła.