Rano Ojciec Święty sprawował Eucharystię w kaplicy nuncjatury apostolskiej. O godzinie 9.00 czasu miejscowego (gdy w Polsce była godzina 2.00) papież opuścił placówkę watykańską i w papamobilu udał się do odległego o 8 kilometrów lotniska. Na ulicach stolicy Filipin pozdrawiały go entuzjastycznie wielkie rzesze wiernych. Franciszek nie był im dłużny i stojąc odpowiadał na życzliwe gesty. Po drodze papamobil zatrzymywał się, a Ojciec Święty całował dzieci. Komentatorzy filipińskiej telewizji podziwiali jego energię, zastanawiając się, skąd czerpie energię. Ulice udekorowane były flagami papieskimi i narodowymi. Nie brakowało też transparentów pozdrawiających Franciszka.

O godz. 9. 33 (2,33 czasu polskiego) papamobil dotarł do bazy lotniczej witany przez szefa państwa, Benigno Aquino III, przed Pawilonem Prezydenckim. Podczas ich krótkiej rozmowy osoby towarzyszące zajmowały miejsca w samolocie, natomiast kardynałowie i biskupi pozostali na płycie lotniska. Zgromadzeni wierni śpiewali „Pope Francis, we love you”- papieżu Franciszku, kochamy ciebie. Nie zabrakło dzieci porzuconych, którymi opiekują się różne ośrodki. Grupa 440 z nich przygotowała specjalną piosenkę na pożegnanie Ojca Świętego. O godz. 9. 40 (2.40) Franciszek w towarzystwie Benigno Aquino III wyszedł z pawilonu prezydenckiego, niosąc swoją słynną już czarną teczkę w ręku. Z pomocą tłumacza wymienił jeszcze z szefem państwa kilka słów. Następnie pożegnał się z filipińskimi biskupami oraz ambasadorem Argentyny w tym kraju. Potem wymienił uścisk rąk z członkami rządu i innymi przedstawicielami władz. W towarzystwie prezydenta i kard. Luisa Antonio Tagle, przechodząc przez szpaler kompanii honorowej udał się do samolotu. O godz. 9.50 (2.50) wszedł na jego pokład. O godz. 10.05 (3.05 czasu polskiego) samolot specjalny Philippine Airlines A-340 wyruszył w drogę do Rzymu, gdzie ma przybyć o 17. 40.

Kiedy Franciszek opuszczał Filipiny wierni odmawiali "Ojcze Nasz" i "Zdrowaś Maryjo" w intencji jego pomyślnej podróży.